Era globalisasi menuntut Universitas Syiah Kuala mengembangkan paradigma baru dalam kebijakan akademik yang mampu untuk mengantisipasi persaingan global yang semakin ketat. Universitas Syiah Kuala tidak hanya dituntut untuk menghasilkan lulusan yang mampu bekerja mandiri atau bersaing di lapangan kerja dengan alumni dari universitas nasional atau internasional lain, tapi juga harus mampu menghasilkan produk pemikiran, penelitian dan layanan masyarakat yang berkualitas. Tantangan yang semakin besar dihadapi oleh Fakultas Pertanian yang peminatnya semakin menurun walaupun posisi pertanian di dalam perekonomian Indonesia semakin penting. Fakultas Pertanian harus mampu menemukan jati dirinya kembali agar menjadi daya tarik bagi calon mahasiswa dan dunia usaha. Oleh karena itu mutu lulusan serta peran Fakultas Pertanian di tingkat nasional, regional maupun internasional harus ditingkatkan secara berkesinambungan melalui peningkatan mutu akademik dan non-akademik sehingga visi dan misi Fakultas Pertanian dapat tercapai.

Selama ini kegiatan non-akademik terlihat terlupakan atau dinomor duakan dalam pengembangan universitas atau fakultas. Ketimpangan antara mutu akademik dengan non akademik terkadang sangat terasa dimana kegiatan non-akademik tidak mampu mendukung kegiatan akademik yang lebih dinamis dan kritis.  Padahal kegiatan akademik tidak dapat berdiri sendiri tapi harus didukung oleh layanan non-akademik yang kuat dan berkualitas. Keduanya merupakan satu paket pengembangan yang tidak dapat dipisahkan yang harus sinkron dalam menghasilkan produk yang berkualitas.

Usaha untuk meningkatkan mutu harus dilakukan secara terencana, berkesinambungan, terukur dan mempunyai arah tujuan yang jelas. Penyusunan manual mutu Fakultas Pertanian bertujuan untuk memberikan arah yang ingin dicapai sehingga perencanaan pengembangan fakultas harus mengacu pada manual yang telah disusun. Manual mutu Fakultas Pertanian disusun mengacu pada manual mutu Universitas Syiah Kuala, kebutuhan spesifik Fakultas Pertanian dan tuntutan masa depan. Manual mutu Fakultas Pertanian bersifat dinamis yang terus direvisi dan disempurnakan sehingga mampu beradaptasi pada tuntutan global.

Manual Mutu disusun guna memberikan pijakan bagi Sistem Penjaminan Mutu Fakultas Pertanian yang disingkat dengan SJMF. Manual mutu menjadi pedoman bagi pengembangan fakultas dan  jurusan/program studi yang ada di dalamnya.  Manual Mutu Fakultas Pertanian mencakup kebijakan mutu pada kegiatan akademik dan non akademik. Kegiatan akademik merupakan kegiatan untuk menghasilkan lulusan yang berkualitas, kegiatan penelitian dan layanan masyarakat. Kegiatan non-akademik mencakup sistem administrasi, keuangan dan pengelolaan sumber daya guna mendukung kegiatan akademik demi tercapainya good governance faculty.

Penjaminan mutu internal merupakan bagian dari tanggung jawab pimpinan fakultas, pengelola program studi, dosen dan pegawai. Sasaran penerapan sistem penjaminan mutu harus ditetapkan dan dituangkan dalam Rencana Strategis, Rencana Kegiatan dan Anggaran Tahunan masing-masing satuan kerja.
Penjaminan mutu akademik internal fakultas, program studi dan unit-unit pelaksana lainnya dilakukan untuk menjamin:

1. Kepatuhan terhadap kebijakan akademik, standar akademik, peraturan akademik serta manual mutu akademik.
2. Kepastian bahwa setiap mahasiswa memiliki pengalaman belajar sesuai dengan spesifikasi program studi.
3. Kepastian bahwa lulusan memiliki kompetensi sesuai dengan yang ditetapkan di setiap program studi.
4. Fleksibilitas kurikulum untuk mengakomodasi minat setiap mahasiswa sesuai dengan profil lulusan yang diinginkan.
5. Relevansi program pendidikan dan penelitian dengan tuntutan masyarakat, dunia kerja dan profesionalitas.
6. Pelaksanaan tri dharma perguruan tinggi menjadi agen perubahan.

Penjaminan mutu non-akademik internal fakultas, program studi dan unit-unit pelaksana lainnya dilakukan untuk menjamin:

1. Pelaksanaan good governance faculty yang mampu memberikan rasa aman dan nyaman dalam bekerja bagi staf dan pegawai fakultas.
2. Sistem administrasi yang efisien, transparan dan profesional untuk mendukung kegiatan akademik.
3. Sistem keuangan yang terencana dan transparan.
4. Manajemen aset, sarana dan prasarana untuk memfasilitasi kegiatan akademik.
5. Proses pengadaan barang dan jasa yang baik.
6. Profesionalisme staf dan pegawai fakultas.
7. Kegiatan badan usaha komersial fakultas yang mampu mendukung kegiatan akademik serta memberi kesejahteraan bagi staf dan pegawai fakultas.
8. elayanan administrasi yang cepat, ramah, dan efisien.

Pengembangan bidang akademik harus selalu disertai dengan inovasi terhadap metode dan substansi pembelajaran yang didukung dengan peningkatan infrastruktur, perangkat lunak dan perangkat keras yang diperlukan. Pengembangan jangka menengah dan panjang diarahkan untuk menjadi pelopor di tingkat nasional dan memberikan kontribusi pada standar akademik program sejenis di tingkat regional dan internasional.
Pelaksanaan pendidikan di Fakultas Pertanian dirancang dengan mempertimbangkan pergeseran paradigma pendidikan yang semula lebih fokus pada pengajaran oleh dosen, ke fokus pada pembelajaran yang berpusat pada mahasiswa (student centered learning). Porsi pembelajaran berbasis pada kemampuan memahami dan menyelesaikan permasalahan di lapangan dan hasil-hasil penelitian hendaknya ditingkatkan secara berkelanjutan.
Evaluasi terhadap program akademik harus dilakukan secara sistematik, periodik dan berkesinambungan dengan menggunakan alat ukur yang dapat diterima masyarakat dan dikembangkan dalam rangka percepatan Fakultas Pertanian menjadi entrepreneur faculty yang mampu bersaing di tingkat nasional dan internasional.
Peningkatan mutu akademik di Fakultas Pertanian didasarkan pada kebijakan pengembangan proses pembelajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat.
A. Proses Pembelajaran

Kebijakan mutu non-akademik diarahkan pada pengembangan sistem yang mampu menyokong pengembangan akademik melalui good faculty governance. Good faculty governance mengedepankan nilai-nilai transparancy, profesionalisme staf, dan tertib administrasi serta harus mampu memberikan atmosfir kerja yang aman dan nyaman bagi staf dan pegawai fakultas.
Sistem administrasi fakultas harus didukung oleh sistem informasi manajemen yang efisien sehingga mampu mendukung perkembangan akademik yang dinamis dan cepat. Data fakultas harus selalu di update dan dokumentasi harus tertib serta tertata rapi dengan sistem pencatatan yang lengkap. Komputerisasi administrasi fakultas merupakan suatu keharusan.
Pengelolaan keuangan harus lebih transparan dan berdasarkan planning yang jelas. Sistem keuangan harus mengacu pada undang-undang dan peraturan yang ada. Sistem keuangan harus tertib dan diarahkan kepada penggunaan software keuangan yang handal sehingga dapat memberikan informasi yang mudah, transparan, dan dapat dipertanggung jawabkan (akuntabilitas) serta mampu mencegah terjadinya penyelewengan dan pemborosan. Setiap pengeluaran dan pendapatan oleh fakultas harus terencana sejak awal tahun dan/atau semester dan jika terjadi perubahan maka penganggaran perlu pembahasan/revisi.
Aset, sarana dan prasarana milik fakultas harus tercatat melalui sistem inventarisasi yang jelas dan berpedoman pada sistem inventarisasi yang berlaku di Departemen Pendidikan Nasional. Aset, sarana dan prasarana fakultas harus digunakan secara optimal sesuai dengan peruntukannya dan tertib administrasi. Sarana dan prasarana fakultas ditata rapi, indah, bersih, nyaman dan berseni serta modern. Fakultas harus memiliki program terhadap pemeliharaan aset, sarana dan prasarana. Sarana dan prasarana fakultas harus mampu dan layak untuk mendukung kegiatan akademis, memberikan ruang yang cukup dan nyaman bagi staf akademik untuk melakukan aktivitas pengajaran, penelitian, dan layanan masyarakat, serta bagi mahasiswa untuk melakukan aktivitas guna mengembangkan wawasan dan pengetahuannya.
Proses pengadaan barang dan jasa untuk fakultas pertanian harus mengikuti ketentuan perundang-undangan/peraturan yang berlaku, transparan, tepat sasaran dan tepat waktu.
Pegawai fakultas haruslah insan yang jujur, profesional, mentaati peraturan dan disiplin serta memiliki semangat yang tinggi untuk membangun Fakultas Pertanian yang lebih baik. Manajemen fakultas harus mampu membina dan memberikan sanksi bagi pegawai yang tidak disiplin dan berkinerja buruk dan memberikan reward kepada pegawai berkinerja cemerlang atau berprestasi. Penempatan dan perekrutan pegawai harus berdasarkan pada profesionalisme, bidang keahlian dan jauh dari nilai-nilai nepotisme, sukuisme dan kolusi. Perekrutan pegawai dan staf harus transparan, informasi diumumkan secara terbuka, berdasarkan analisis kebutuhan yang obyektif. Manajemen fakultas harus memiliki perencanaan yang jelas dan bertanggung jawab terhadap karier pegawai dan staf.