Satuan Penjaminan Mutu Fakultas Pertanian (SJMF) merupakan badan independen dibawah Dekan dan Pembantu Dekan Bidang Akademik yang tugasnya mengevaluasi kebijakan dan prosedur operasional Fakultas Pertanian demi terwujudnya visi dan misi Fakultas Pertanian. SJMF pertama kali dibentuk pada Bulan Agustus 2008. Pada tahun 2009, untuk pertama kalinya SJMF menghasilkan dokumen mutu yang merupakan dokumen yang dinamis yang akan terus ditambah, dievaluasi dan disempurnakan sehingga mutu di Fakultas Pertanian dapat ditingkatkan secara berkesinambungan.

Dokumen mutu tersebut terdiri atas Manual dan Kebijakan Mutu, SOP akademik, SOP non-akademik, Struktur Organisasi dan Uraian Tugas, dan Buku Paduan Program Sarjana dan Diploma Fakultas Pertanian. Disamping itu, SJMF juga melakukan evaluasi terhadap dosen dan pegawai serta melakukan survey proses pembelajaran di lingkungan Fakultas Pertanian. SJMF juga mensosialisasikan SOP yang dihasilkan agar dapat diterapkan sebagai standar operasional di Fakultas Pertanian

Susunan pengurus SJMF tahun 2009 adalah sebagai berikut:
Ketua : Dr.Ir. Muhammad Ikhsan Sulaiman, MSc.
Wakil Ketua : Dr. Mohd. Agus Nashri, SPt, MSi.
Bendahara : Satriana, STP, MT.
Anggota:
Prof.Dr.Ir. Hasanuddin, MS.
Dr.Ir. Abubakar, MS.
Dr. Siti Hafsah, SP., MSi.
Dr.Ir. Sofyan, M.Agric.Sc.
Dr.Ir. Syahrul, MSc.
Cut Erika, STP., MSc.
Ir. Cut Intan Novita, MSi.
Ichwana, ST., MP.
Ir. Mira Delima,
Taufan Hidayat, SSi., MSi.
T. Ferijal, STP., MSc.